Suatu hari, setelah bertemu sosok misterius dalam perjalanan pulang, Rudo kembali dan menemukan tubuh Regto yang sekarat di lantai. Dia langsung ditemukan di lokasi oleh pihak berwenang dan dituduh membunuh. Tidak ada yang percaya klaimnya tentang ketidakbersalahan, dan dia dibuang ke Abyss. Alih-alih mati, dia mendapati dirinya di tempat aneh berbau busuk yang dikelilingi monster dari sampah.

Ketika Rudo diserang monster tersebut, dia diselamatkan pria bernama Enjin yang mengungkapkan dirinya sebagai "Cleaner"—seseorang yang menggunakan senjata khusus bernama Vital Instruments untuk melawan makhluk-makhluk ini. Demi membalas dendam pada pembunuh Regto, Rudo dengan enggan menjadi Cleaner untuk berjuang kembali naik dan keluar dari Abyss.